Lab Integrated Data
La plateforme ouverte de gestion des données pour la biologie moderne
Une plateforme web tout-en-un de gestion des données de recherche FAIR, conçue pour les scientifiques. Suivez sans effort vos spécimens, échantillons, protocoles, stocks de laboratoire, essais et jeux de données. Documentez vos procédures dans le cahier de laboratoire électronique et sous forme d’exécutions de workflows.
Gestion du laboratoire
Gestion des stocks
Suivez et partagez vos consommables (plasmides, anticorps…) et vos équipements (microscopes, séquenceurs…). De nouveaux types d’inventaire s’ajoutent et se personnalisent facilement.
Gestion des protocoles
Créez, versionnez et partagez facilement des protocoles bien mis en forme, avec tableaux et images intégrés. Le copier-coller depuis un document Word existant fonctionne aussi !
Gestion des échantillons
Gérez vos échantillons et reproduisez le plan de vos expériences (relations parent-enfant, par exemple) dans un graphe de filiation des échantillons (nombre d’étapes illimité), avec prise en charge des divisions et des regroupements.
Gestion des spécimens
Gérez toutes vos collections de spécimens vivants (souris, drosophiles, patients, lignées cellulaires…) à l’origine de vos échantillons.
Biobanque
Suivez l’emplacement de stockage exact de vos échantillons et spécimens dans des espaces personnalisés à imbrication illimitée (congélateur > tiroir > portoir > plaque…, par exemple). Suivez les envois de vos éléments de biobanque vers vos collaborateurs ou vos clients.
Cahier de laboratoire électronique
Rédigez toutes vos notes dans des Expériences au format traitement de texte, avec tableaux et images. Reliez-les aux Protocoles, aux Échantillons & aux articles d’inventaire consommés dans l’Expérience. Partagez facilement vos Expériences avec vos collègues et organisez-les en Projets.
Gestion des essais
Séquençage
Stockez & partagez vos jeux de données brutes et dérivées. Reliez les données brutes (fichiers FastQ, par exemple) aux essais (paramètres de run, instruments) et aux échantillons qui ont servi à les acquérir. Suivez la filiation des jeux de données et rattachez les résultats finaux aux données brutes (nombre d’étapes illimité).
Microscopie optique
Prise en charge native des images issues de la microscopie optique & à fluorescence, y compris les criblages sur plaque ; décrivez les métadonnées clés des dimensions XYZCT (nombre de canaux illimité).
Microscopie électronique
Prise en charge native de la microscopie électronique à température ambiante et cryogénique : montages TEM, vEM et tomographie. Un type d’échantillon dédié permet de décrire librement la préparation des grilles, la vitrification & l’usinage FIB, par exemple.
Essais génériques
Vous n’utilisez ni le séquençage ni la microscopie ? Aucun problème : les essais génériques accueillent les expériences pour lesquelles nous n’avons pas encore de modèle dédié. Classez-les avec vos propres types d’essais et suivez les métadonnées clés avec vos propres annotations.
Assistant interactif
Utilisez notre assistant d’enregistrement, souple et intuitif, pour déclarer les détails d’un essai avec les données brutes produites et les échantillons d’origine.
Gestion des jeux de données
Gestion des jeux de données
Stockez & partagez vos jeux de données brutes et dérivées. Reliez les données brutes (fichiers FastQ, par exemple) aux essais (paramètres de run, instruments) et aux échantillons qui ont servi à les acquérir. Suivez la filiation des jeux de données et rattachez les résultats finaux aux données brutes (nombre d’étapes illimité).
Ingestion automatisée des données
Ingérez automatiquement données et métadonnées (depuis vos plateformes technologiques, par exemple) avec notre CLI, ou développez votre propre client à partir de notre API. Les propriétaires des données sont prévenus par e-mail à chaque nouvel enregistrement.
Workflows
Importez vos workflows depuis Git ou définissez-les entièrement dans l’interface de LabID. Suivez la provenance complète de vos données analysées en les reliant, via les WorkflowRun, aux versions exactes des workflows et aux paramètres de calcul utilisés.
Partage via S3
Partagez ou publiez une copie de vos données auprès de vos collaborateurs internes et externes en les envoyant vers un bucket S3 en quelques clics.
Archivage & restauration
Basculez vos données vers du stockage froid pour réduire vos coûts, puis restaurez-les à leur emplacement d’origine dès que nécessaire. Développez votre propre plugin pour intégrer l’archivage et la restauration à votre infrastructure.
Gestion des copies de données
Suivez et gérez facilement (suppression comprise) les copies de vos données réparties sur différents volumes de stockage (local, S3, archives…) afin d’optimiser vos coûts et de réduire vos émissions de CO2.
Disponibilité
Export
Téléchargez vos collections au format Excel, récupérez une copie de votre cahier de laboratoire électronique sous forme de site statique lorsque vous quittez le laboratoire, ou publiez vos études (données et métadonnées) dans des dépôts publics comme l’ENA : ce ne sont que quelques exemples.
Open source
Aucune dépendance à un éditeur. Rejoignez la communauté et contribuez de nouvelles fonctionnalités à LabID, ou créez votre propre fork.
Protégé
L’horodatage de votre cahier de laboratoire électronique, conforme à la RFC 3161, protège vos découvertes et votre propriété intellectuelle.
Multiplateforme
Utilisez le système d’exploitation de votre choix. Un navigateur récent suffit.
Se former
Apprenez à utiliser LabID grâce à nos nombreux supports de formation en ligne, à notre site de démonstration et à notre documentation.
Intégrations tierces
Galaxy
Envoyez vos collections de jeux de données vers Galaxy en quelques clics, exécutez vos workflows Galaxy favoris et récupérez les données analysées. Importez les workflows Galaxy et leurs invocations dans LabID pour suivre la provenance complète des données analysées, jusqu’aux échantillons et à vos notes de cahier de laboratoire.
WorkflowHub
Importez un workflow depuis WorkflowHub et publiez-y vos propres workflows.
Libre Office Online
Modifiez directement tout document bureautique joint. Aucun téléchargement nécessaire.
CLI
Utilisez l’interface en ligne de commande pour importer et exporter facilement données & métadonnées.
API
Intégrez votre application grâce à l’API REST. Ici, tout est possible.
Ce que LabRise Consulting peut faire pour vous
Des prestations d’experts pour mettre LabID au service de votre laboratoire
Installer
Déploiement de LabID en qualité production sur votre infrastructure, on-premise ou dans le cloud
Maintenir
Support continu, mises à jour et supervision pour garder votre instance LabID parfaitement opérationnelle
Personnaliser
Adaptation de LabID aux workflows, aux types de données et aux besoins d’intégration propres à votre laboratoire
Former
Formation pratique de votre équipe pour tirer le meilleur de LabID dès le premier jour
LabID
Développé par Multimodal Open Data Integration Support à l’EMBL.
Soutenu par le projet européen Open Science Clusters’ Action for Research and Society (OSCARS), convention de subvention n° 101129751.